اگر مقدار مصرف آنتی بیوتیک بسیار زیاد باشد یا زمانهای درمان بسیار طولانی باشد، خطر مسمومیت ماهیها وجود دارد و اغلب منجر به آسیب کبد، کلیه یا سایر اندامها میشود که ممکن است برگشت پذیر یا برگشت ناپذیر باشد. از طرفی، اگر مقدار مصرف آنتی بیوتیک بسیار کم باشد یا زمان درمان بسیار کوتاه باشد، باکتریها کشته نخواهند شد یا به حد کافی ضعیف نخواهند شد که سیستم ایمنی ماهی آنها را از میان بردارد و این امر به طور زیادی خطر ایجاد مقاومت به آنتی بیوتیک را افزایش میدهد. هنگامی که باکتریها به یک آنتی بیوتیک خاص مقاوم شوند، حتی غلظتهای بالای آن دارو هم موثر نخواهد بود.
مقاومت به آنتی بیوتیک هنگامی که آنتی بیوتیکها بطور نادرست به کار میروند مانند تجویز یک آنتیبیوتیک به دنبال آنتیبیوتیک دیگر به جمعتی از ماهیان، اغلب در مقادیر نادرست برای کوتاه کردن زمان درمان و بدون تشخیص صحیح (یعنی بدون کشت و انجام آزمایشات تعیین حساسیت) نیز میتواند بوجود بیایید.
ترکیب آنتیبیوتیکهای مختلف بطور عمومی توصیه نمیشود. آنتی بیوتیکها در مکانهای مختلفی بر روی یا داخل سلول باکتری هدف اثر میکنند . مصرف بیش از یک آنتیبیوتیک میتواند منجر به تداخل بین آنها شود و در بدترین شرایط میتوانند همدیگر را خنثی کنند. بیشتر عفونتهای باکتریایی را میتوان بطور موثری با یک آنتیبیوتیک درمان کرد.
